La localidad de Pertusa está estratégicamente ubicada a medio camino entre Monzón y Huesca, con una distancia de 28 kilómetros hacia cada una de estas ciudades. Este punto fue elegido en tiempos romanos como sitio para una mansio en la vía que conectaba Ilerda y Osca. En la orilla izquierda del río Alcanadre, se construyó un magnífico puente romano de un solo ojo y tablero plano que formaba parte de esta vía, aunque hoy solo sus estribos permanecen en pie. Los restos de la vía romana y las huellas de carros en la arenisca cercana atestiguan su antigua importancia.

El puente romano, conocido como Al-Qantara para los árabes, y el río que albergaba varios puentes, dieron origen al nombre de Alcanadre. Su colapso afectó la vía romana y su uso continuó en la Edad Media. Pertusa, cuyo nombre se ha mantenido sin cambios desde tiempos ibero-romanos, aparece registrado ya en el cartulario de Roda de Isábena en 1106.

La iglesia parroquial de Santa María en Pertusa, aunque con reformas posteriores, tiene raíces románicas. Su planta original se modificó a lo largo de los años, añadiendo capillas laterales y bóvedas de lunetos. Una cripta románica bien conservada se encuentra bajo la cabecera, mientras que una torre renacentista domina el paisaje.

La historia de Pertusa se entrelaza con la reconquista cristiana. El rey Pedro I conquistó el castillo en 1099, y luego expandió sus territorios, tomando Huesca y otros lugares. La iglesia parroquial de Santa María, con elementos románicos y reformas posteriores, es el corazón religioso del pueblo. Su cabecera original poligonal, enriquecida con detalles ornamentales, se encuentra parcialmente preservada.

La sacristía y otras adiciones del siglo XVIII ocupan el espacio de la antigua cabecera. La articulación entre la cabecera y la nave principal sugiere que podría haber sido un templo de nave única que más tarde se convirtió en cruz latina. El muro sur conserva su forma original, pero la portada renacentista y otros cambios afectaron la estructura.

Una sala oculta en altura contiene elementos románicos sorprendentes: dos arquillos ciegos dovelados, canecillos y una cornisa que decoraban el lado norte de la cabecera y el brazo norte del templo. La ausencia de decoración similar en el lado sur intriga sobre posibles cambios en el proyecto original.